[Jean le Chauve]

J'ai peur que si j'arrive à faire marcher cet url rewriting, je doivent changer absoluments tous les liens de mon site qui sont du style

Ne me dis pas que c'est un menu en dur ? Qu'il n'est pas automatiquement créé par menumanager.

Pour l'instant avec des urls comme : http://www.whynotyou.fr/index.php/home/blog, tu n'es pas en mod_rewrite, mais bien en internal.
Vide ton cache.