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Nota normalement suivant la config de Apache le module mod_access_compat est fourni à des fins de compatibilité avec les anciennes configurations. le nouveau module mod_authz_host permet les nouvelles directives de contrôle d'accès
Pour vérifier si ces modules sont inclus dans la config Apache il suffit de lancer un phpinfo et de regarder la case "Loaded Modules" suivant les version serveurs installés.

Perso en local sur debian Apache/2.4.10 (Debian config qui semble être identique à la tienne) pas de problème avec des .htaccess sur /uploads.
vérifie que tes fichiers soient bien encodés en UTF-8.

Si problèmes, je te conseille donc de modifier comme il devrait être sur la prochaine version 2.1.3 (je suppose)
- suppression des fichiers .htaccess dans les sous dossiers /doc /plugins /uploads
le htaccess est corrigé par rapport à la version 2.1.2 par ajout

Code :

RedirectMatch 403 ^.*/doc/.*\.php$
RedirectMatch 403 ^.*/plugins/.*\.php$

par défaut en 2.1.2 le htaccess (voir dans le dossier /doc de CMSms) doit contenir

Code :

RedirectMatch 403 ^.*/lib/.*\.php$
RedirectMatch 403 ^.*/tmp/.*\.php$
RedirectMatch 403 ^.*/modules/.*\.php$
RedirectMatch 403 ^.*/uploads/.*\.php$