[Jean le Chauve]

Le canonical suffit, mais laisse le temps à Google de faire ses courses.
Ne commence pas à rajouter des règles .htaccess qui ne servent à rien.

Code :

RewriteCond %{HTTP_HOST} ^tonDomaine.fr$ [NC]
RewriteRule ^(.*)$ http://www.tonDomaine.fr/$1 [R=301,L]

#Sub-dir e.g: /cmsms
RewriteBase /
#
# 301 Redirect all requests that don't contain a dot or trailing slash to
# include a trailing slash
RewriteCond %{REQUEST_URI} !/$
RewriteCond %{REQUEST_URI} !\.
RewriteRule ^(.*) %{REQUEST_URI}/ [R=301,L]

N'oublies pas également de lui donner ton sitemap.
Et, pour clôturer,
http://www.mon-site.com/ >>> 63 liens pointant vers cette page
http://www.mon-site.com/index.php >>> Aucun lien pointant vers cette page
Quel est le problème ? Ça veut dire que tu as correctement demandé à référencer tes liens, ce sont les deux mêmes pages, le page ranking ne sera pas réparti.